ChromasDNA序列讀圖軟件

Chromas是一款DNA序列分析讀圖軟件，使用這款軟件可以幫助我們打開ab1、scf、ztr格式的圖譜文件，支持自動(dòng)刪除低質(zhì)量序列和矢量序列，軟件還支持將圖譜進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換，從而方便使用其它軟件打開。

使用方法

1、選擇File菜單打開一個(gè)序列文件，或者直接通過Open打開。

2、一般測序中一個(gè)反應(yīng)大概能測的長度為800左右，由于熒光染料的干擾和機(jī)器性能，測序結(jié)果在最開始和最后面的時(shí)候有幾十個(gè)堿基不準(zhǔn)確，如下圖中紅框的部分。評(píng)判測序結(jié)果的時(shí)候可以忽略前50個(gè)和后50個(gè)堿基。

3、我們通過工具欄的縮放工具，可以放大或者縮小整個(gè)視圖：

通過上圖可以看出，不同堿基對(duì)應(yīng)不同的顏色。

4、通過工具欄的“Find‘工具，可以查找某個(gè)序列：

5、通過“File”菜單欄的Blast Search可以直接連接在線數(shù)據(jù)庫，將序列進(jìn)行Blast，省去了我們打開NCBI等數(shù)據(jù)庫然后復(fù)制序列再比對(duì)的麻煩：

點(diǎn)擊OK之后出現(xiàn)如下界面，然后點(diǎn)擊“View report”即可。

6、Chromas還自帶序列翻譯蛋白質(zhì)功能，點(diǎn)擊“Options-》Show Translations-》All”顯示三條蛋白質(zhì)翻譯序列。這里之所以顯示三條，是因?yàn)镃hromas不知道你的序列翻譯的起始位點(diǎn)，所以如果你的序列是cDNA序列，那么這三條蛋白質(zhì)序列中總有一條是你想要的，這在我們做蛋白質(zhì)點(diǎn)突變的時(shí)候非常有用。當(dāng)然如果你的是啟動(dòng)子等其他序列，這個(gè)功能是多余的。

7、我們可以將序列導(dǎo)出，并且可以設(shè)置導(dǎo)出的間隔、分行、以及是否顯示序號(hào)，下面的設(shè)置中代表每60個(gè)堿基一行。

8、當(dāng)然可能會(huì)有同學(xué)想說，如果我想把測序峰圖放在文章中，我該怎么弄？Chromas沒有存儲(chǔ)為圖片的選項(xiàng)，這時(shí)可能有同學(xué)就想用截圖了，這里Chromas可以存儲(chǔ)為PDF格式，在“File”里面選擇Print 預(yù)覽，然后選擇PDF即可。

導(dǎo)出來之后就得到PDF格式的峰圖了，這是矢量圖，可以無限放大。然后通過Photoshop做出所需要的圖片。

功能

1、從Applied Biosystems DNA測序儀打開.ab1色譜圖文件。
2、開啟由別的序列產(chǎn)生器建立或從數(shù)據(jù)庫查詢查找的SCF和ZTR格式色譜圖文檔。
3、儲(chǔ)存為.scf或AppliedBiosystems.ab1格式。
4、打印出色譜圖，在其中包括放縮或合適一頁的選擇項(xiàng)。
5、全自動(dòng)刪掉低品質(zhì)序列（當(dāng)品質(zhì)數(shù)據(jù)信息可以用時(shí)）或矢量素材序列。
6、以純文字，F(xiàn)ASTA，F(xiàn)ASTQ，EMBL，GenBank或？？GCG格式導(dǎo)出來序列，或應(yīng)用基本上序號(hào)格式化以開展演試。
7、將序列以純文字，F(xiàn)ASTA或FASTQ格式拷貝到剪貼板，以黏貼到別的應(yīng)用軟件中。
8、翻轉(zhuǎn)和填補(bǔ)序列和色譜圖。
9、根據(jù)精準(zhǔn)配對(duì)或最好兩端對(duì)齊檢索子序列。
10、表明3幀中的漢語翻譯及其序列。
11、拷貝色譜圖一部分的圖象以黏貼到文本文檔或幻燈片中。
12、批處理命令，包含格式變換，帶矢量素材刪掉的序列導(dǎo)出來，批量打印和原始記錄的批量導(dǎo)出。
13、應(yīng)用NucleicsPtyLtd的PeakTraceRP部件提高.ab1文檔，以提升最高值易讀性并獲取大量高品質(zhì)的基本。